Establecer la estratigrafía de Les Pedroses resulta complejo dadas las características de los cortes existentes distribuidos por diferentes sectores de la cavidad.

En el Sector I, situado al fondo del vestíbulo, la limpieza de un corte de un antiguo sondeo saqueado permitió documentar, protegidos bajo una costra calcárea (Unidad Estratigráfica PE.I.1), al menos dos niveles con abundantes restos de fauna de macromamíferos, peces y malacofauna y algunos restos líticos. El nivel inferior (PE.I.3), más potente, contiene varias capas de ocre de 1 o 2 cm de espesor y 10 a 15 cm de extensión, que se alternan con otras, más finas, ricas en carbón vegetal.

En el Sector II, situado en el entronque entre la Galería I y II, se observan restos arqueológicos dispersos por su superficie de aspecto similar al Sector I pero no se ha actuado en él.

El Sector III, ubicado hacia la pared O, entre el fondo del vestíbulo y la entrada, contiene varios testigos del yacimiento rellenando oquedades del sustrato rocoso y en él la actividad furtiva ha destruido parte del registro. La limpieza de dos cortes (A y B) proporcionó abundante material en superficie relacionable con los niveles de ocupación de cada sección estratigráfica. En ambos cortes se documenta un nivel pardo-oscuro de unos 20 a 25 cm de espesor con cambios importantes en cuanto a los restos de fauna marina, principalmente Patella vulgata y Littorina littorea de gran tamaño y muy abundante. Del corte B se extrajo un lápiz de ocre de 5 cm con intensas marcas de uso.

En el Sector IV, situado en la parte derecha del vestíbulo, en el extremo final del conchero localizado en la entrada (Sector V), bajo una colada estalagmítica aparece un nivel oscuro, de 25 cm de potencia, con abundantes clastos calizos de 1 a 3 cm de tamaño que se intercala entre dos coladas calcáreas que se inclinaban hacia el SO. En la limpieza somera del corte se recuperó un arpón de doble fila de dientes, propio del Magdaleniense superior-final.

El Sector V se sitúa en la zona E y se identifica con la zona de intervención de FJC (1956) y GAC (1976). Se trata de una brecha con restos de conchero al pie de la cual se encuentra una gran cata. Una parte parece que fue excavada en aquel momento y suponemos que al mismo pertenecen dos bloques con abundante malacofauna depositados en el MAA en 1956 que presentan una matriz similar a la del afloramiento. La brecha tiene entre 20 a 30 cm de espesor y buza siguiendo la inclinación natural del suelo rocoso de la cueva, al igual que el resto de los niveles sedimentados en este sector. Contiene abundante Patella sp. de pequeño tamaño, Phorcus lineatus, Mytilus edulis, Ostrea edulis y Paracentrotus lividus. Una parte descansa sobre una costra estalagmítica que se extiende hacia el Sector IV y otra sobre un nivel de matriz oscura (hacia la entrada).  Se refrescó la sección visible para determinar la secuencia estratigráfica compuesta por diez unidades cuya base parece apoyarse sobre la roca del fondo de la cueva, algunas de ellas articuladas en varios subniveles, con ocupaciones magdalenienses y mesolíticas.

Finalmente, el Sector VI abarca toda la boca de la cueva y la pared O, en donde se observa un gran sondeo (1956) de 8 m² y que va desde la misma boca de la cueva hasta un testigo de conchero adosado a la pared. El corte S muestra un potente nivel de derrubios de ladera y bloques de mediano tamaño (boca de la cavidad). Hacia el interior se observan restos de la ocupación holocena que parecen descansar sobre un nivel de arcillas amarillentas. La limpieza de la zona que permitió la recogida de material lítico entre el que destaca un pico asturiense y dos cantos yunque-percutor similares a los conservados en el MAA.