En 1958 FJC realizó la primera visita a la cueva de El Cierro y, entre los meses de junio y julio de 1959, excavó en la sala principal o de la ventana cenital, donde identificó dos niveles de conchero en la parte superior de la secuencia y un total de ocho capas con abundantes materiales arqueológicos bióticos y abióticos en la parte inferior de las cuales, de la 2ª a la 5ª se asociaron al Magdaleniense y Solutrense. Los materiales de esta primera intervención fueron estudiados por el propio FJC y por otros investigadores lo que ha permitido precisar los periodos a los que se adscriben las diferentes ocupaciones. Estos restos arqueológicos se encuentran depositados en el MAA. En 1969 G. A. Clark muestreó el conchero del que obtuvo una datación ¹⁴C a partir de un fragmento de carbón que indica una ocupación de finales del Paleolítico superior.

Entre 1977 y 1979 FJC y AGF limpiaron y realizaron una excavación vertical siguiendo el buzamiento de los niveles en el antiguo testigo de las anteriores excavaciones de FJC conservado en la pared N de la sala principal, que les permitió precisar la secuencia estratigráfica y excavar los estratos más recientes (hoy denominados unidades Cierro F, Cierro G y Cierro G1) ubicados por debajo del conchero inferior, en un área de 2 x 0,6 m y 50 cm de espesor. Todos los sedimentos extraídos durante la excavación fueron cribados con tamices de entre 5 y 2 mm de luz y también se tomaron diferentes muestras de toda la estratigrafía para poder precisar las ocupaciones de la cavidad. El resultado de estas investigaciones, sin embargo, no llegó a publicarse, exceptuando el artículo en el que se dio a conocer el hallazgo de un hueso grabado con representaciones de animales. Todos los materiales arqueológicos de estas intervenciones fueron depositados en el DPHAA-USAL, donde están siendo estudiados actualmente desde el año 2012.

 Entre 2014 y 2019, un equipo liderado por dos de los firmantes (EAF y JFJP) ha realizado diferentes campañas de intervención en El Cierro, en las que se levantó el plano topográfico de la cavidad y se hicieron intervenciones arqueológicas (limpieza y refresco de cortes) en la sección estratigráfica de las excavaciones anteriores (pared N) situada en la sala principal de la ventana cenital (“perfil estratigráfico de las excavaciones antiguas”), a partir de la cual se ha obtenido la secuencia litoestratigráfica del yacimiento, siguiendo los esquemas estratigráficos realizados en su día por dichos investigadores y los comentarios plasmados en el diario de campo de MHG de esos mismos años (Consultados por cortesía de Pilar Vidal y Marco de la Rasilla, a quienes damos las gracias)..